源先生，死吧

御陵衛士の残党から命を狙われた近藤（香取慎吾）は、右肩にけがを負い、沖田（藤原竜也）、お孝（優香）とともに療養のため大坂城に赴く。一方、京都では岩倉（中村有志）、西郷（宇梶剛士）を中心に徳川打倒の準備が着々と進められていた。新選組も残った土方（山本耕史）、源三郎（小林隆）を中心に鳥羽伏見に布陣。ついに戦闘が開始される。しかし、銃や大砲で攻めてくる薩長に、新選組は太刀打ちできず退却せざるを得なかった。数日後、淀の千両松に布陣した新選組の前に菊の御紋のついた錦の御旗を掲げた、薩長軍が現われる。官軍として進軍する薩長に、逆賊になるのを恐れた幕府軍は、次々と逃げだす。新選組も退却を余儀なくされるが、逃げ遅れた周平（浅利陽介）をかばった源三郎が敵の銃弾を受ける。重傷を負った源三郎は永倉（山口智充）、原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らに見守られ、土方の腕の中で絶命する。そんな中、近藤は大坂城で慶喜（今井朋彦）に陣頭指揮に立つよう進言する。