决战、第三新东京市（Rei II）

受到加粒子炮攻击的初号机，所幸未伤至要害，但真嗣却对战斗开始胆怯。另一方，使徒正在使用能量钻向 NERV 本部的位置展开攻击。面对持有自动防御系统的使徒，美里提出了超长距离射击的提案，并取名为“屋岛作战”。数小时后，日本列岛的能源，集束于阳电子炮内，狙击手为真嗣，丽驾驶零号机执行防御任务。使徒加粒子炮与阳电子炮的两束热能交错飞过，使徒被击坠，而丽挡在了真嗣的面前。
（这一话基本围绕对第五使徒的攻防战展开。最后的场面中真嗣将丽从融坏的零号机里救出后，丽说：“对不起，这种时刻，我不知道该用怎样的表情面对你。”而真嗣的台词是“我认为微笑就可以了”这段，在片中起到了相当好的平衡作用，给人留下较深印象。）