少女的两年等于男人的十年

二年の間、江戸を離れ姿を見せなかった銀時が、松下村塾の跡地に立っていた。因縁の地で高杉と再会したところへ警察が現れ、高杉は逃亡する。捕らえられた銀時の前に現れたのは、この地に左遷されていた土方だった。
土方の事情聴取から逃げ、町へ出た銀時は何者かから襲撃を受ける。足を滑らせ川へ落ちたところへ、高杉が船に乗って再び現れる。
一方江戸では、神楽をマミーと呼ぶ少女・神流の登場に新八は驚きを隠せない。そこに現れた殺し屋は、マフィア然とした沖田が率いる元真選組の隊士たちだった。二年の成長を試すように新八に斬りかかる沖田。戦いのさなか、神流に異変が――！？